En la Universidad de Cajamarca, periodo 2009-2011, cuyes nativos de San Marcos-Cajabamba, Chota-Cutervo, San Miguel-Santa Cruz, y mejorados Ecotipo Cajamarca, fueron evaluados productivamente para establecer diferencias fenotípicas y molecularmente con la técnica “Citocromo B”, para establecer diferencias genéticas. En pesos al nacimiento y destete, los Ecotipo Cajamarca fueron mejores y en nativos San Marcos-Cajabamba. El mejor tamaño de camada al nacimiento correspondió al Ecotipo Cajamarca; en nativos San Marcos-Cajabamba y Chota-Cutervo sobresalieron. Al destete, el mejor tamaño de camada correspondió a los Ecotipo Cajamarca, en nativos a San Marcos-Cajabamba. A las 8 semanas, los Ecotipo Cajamarca fueron mejores; en nativos Chota-Cutervo sobresalió. La mejor Conversión alimenticia correspondió a los Ecotipo Cajamarca; los nativos fueron menos eficientes. Productivamente los nativos San Marcos-Cajabamba y Chota-Cutervo fueron mejores. Reproductivamente, los nativos San Miguel-Santa Cruz, mostraron mejor fertilidad y rusticidad; los peores índices correspondieron a Cajamarca y nativos San Marcos-Cajabamba. Molecularmente se establece diferencias genéticas entre localidades; los grupos comparten ADN, pero parte es diferente por procedencia; los Ecotipo Cajamarca están más próximos y relacionados genéticamente a los nativos San Marcos-Cajabamba, luego a los Chota-Cutervo, y finalmente San Miguel-Santa Cruz; consecuentemente ,la influencia ejercida por los animales de Cajamarca es mayor para San Marcos-Cajabamba, luego Chota-Cutervo finalmente San Miguel-Santa Cruz, quienes deberían ser protegidos y conservados. Finalmente, se está produciendo un proceso de absorción del genotipo cajamarquino en las poblaciones nativas, determinando la pérdida de su composición genética original y características importantes: fertilidad, rusticidad, resistencia a enfermedades. Es necesario realizar mayores estudios al respecto.