El presente trabajo tiene como objetivo la identificación y caracterización de marcadores genéticos microsatelites y polimorfismos de nucleótido simple (SNP) y evaluar su posible rol en el fenotipo Suri y Huacaya de alpacas (Vicugna pacos) de los departamentos de: Puno, Cuzco, Huancavelica, Junin, Apurimac y Arequipa. Se determinaron 6 loci microsatélites: MNA0295, MNA0218, MNA0366, MNA0388, MNA0351 y MNA0394 y para 3 SNPs: A57G, A227G y A458G de un fragmento del extremo 3`terminal (3`UTR) del gen de Tricohialina. Los marcadores microsatélites mostraron ser altamente informativos (PIC > 0.7; A > 6; Ho > 0.586, He > 0.691; PEacumulada = 0.9942). Los 3 SNP fueron identificados en un fragmento de 465bp perteneciente a la región 3´UTR del gen de Tricohialina. Los marcadores SNPs A57G y A458G son altamente informativos (PIC=0.374, Ho > 0.351, He,=0.5) y se encuentran en desequilibrio de ligamiento genotípico (p = 0). Mientras que el marcador SNP A227G es poco informativo (PIC=0.077, Ho =0.083, He,=0.081) y su alelo de menor frecuencia se encuentra presente departamentos de Huancavelica y Arequipa. Análisis de asociación entre los marcadores SNP y los fenotipos Suri y Huacaya no mostraron diferencias significativas para genotipos (p>0.5), haplotipos (p>0.5), ni en los análisis de multiples componentes. En conclusión estos resultados sugieren que los SNP identificados del gen de Tricohialina no se encuentran relacionados a los fenotipos Suri y Huacaya. Palabras claves: alpaca, microsatelites, SNP. --- ABSTRACT The aim of this Project is the identification and characterization of new microsatellites and SNP genetic markers and evaluate their possible role in alpaca`s (Vicugna pacos) breeds phenotypes: Suri and Huacaya from Puno, Cuzco, Huancavelica, Junin, Apurimac and Arequipa. Six microsatellite loci: MNA0295, MNA0218, MNA0366, MNA0388, MNA0351 and MNA0394 and 3 SNPs : A57G, A227G and A458G from the 3`UTR part of the trichohyalin gene were identify. The microsatellite markers were highly informative (PIC > 0.7, A> 6; H > 0.586, He > 0.691 ; PE = 0.9516) . The 3 SNPs were identified in a 465bp fragment belonging to 3'UTR region from the Trichohyalin gene. The A57G and A458G SNP markers are highly informative (PIC = 0.374, Ho > 0351, He = 0.5) and are in genotypic linkage disequilibrium (p=0). The A227G SNP marker is less informative (PIC = 0.077, Ho = 0.083, He = 0.081) and the less frequent allele is present only in 2 populations: Huancavelica and Arequipa. An Association analysis between SNP markers and the Huacaya and Suri phenotypes showed no significant difference for genotypes frequencies (p > 0.5),the haplotype frecuencies (p> 0.5) and Factorial Correspondence Analysis (FCA). In conclusion these results suggest that the SNP identified in the trichohyalin gene are not related to Suri or Huacaya phenotypes. Key words: Alpaca, microsatellite, SNP.